2021年4月16日，国家卫生健康委发布《关于设置国家传染病医学中心的通知》（国卫医函〔2021〕81号），根据《“十三五”国家医学中心及国家区域医疗中心设置规划》（国卫医发〔2017〕3号）和《国家医学中心和国家区域医疗中心设置实施方案》（国卫办医函〔2019〕45号），以首都医科大学附属北京地坛医院为依托设置国家传染病医学中心（北京）。

中心贯彻创新驱动发展战略和“2035年远景目标”，以传染性疾病防治的国家重点需求为导向，发挥国家医学中心在传染性疾病研究领域的龙头引领作用，开展前沿医学研究，强化医学研究基础平台建设，拓展交叉研究与科技创新视野，提升医院管理与精益运营效能，促进临床攻关与基础研究融合，推进技术产品应用与成果转化。建立并完善专业化的传染病临床研究公共服务平台，培育一批临床研究的领军人才、学科带头人和技术骨干，构建培养医学科技创新人才团队，加强领域科技交流合作。

中心科学研究方向包括质量控制与标准制定；新技术、新产品研发应用；基础研究与临床试验；科学探索与协同转化；搭建国家临床研究公共技术支撑平台。

本中心是国家卫生健康委批复的首批传染病医学中心之一，拥有国家卫健委感染病临床重点专科、国家中医药管理局中医肝病重点专科、国家中医药管理局中医传染病重点专科及重点学科，设立有国家感染性疾病医疗质量控制中心、国家临床药物试验基地、首都医科大学传染病学研究所等权威机构，拥有新发突发传染病研究北京市重点实验室、市科委新发突发传染病临床样本与数据资源库等科研支持平台。中心协同网络建设方面，中心主体医院地坛医院牵头成立了地坛感染病专科联盟，联盟成员单位覆盖全国31个省市自治区的91家医疗机构，拥有充足的传染性疾病相关的生物样本和病例资源库，为后续的深入研究提供了保障。